אובונטו לינוקס מפעילה את שולחן העבודה כחשבון משתמש רגיל, ולכן כל התוכניות שהושקו מושקות בהקשר של חשבון משתמש רגיל.
כדי להפעיל תוכנית שורת פקודה עם הרשאות superuser (root), בדרך כלל תקדים את הפקודה עם "sudo", כפי שמוצג בדוגמה זו:
sudo gedit filename.txt
אובונטו מספקת אלטרנטיבה גרפית לפקודת sudo שכנראה ראית אם אתה מנסה להפעיל כלי ניהולי כלשהו:
באפשרותך להריץ בקלות ובמהירות כל תוכנית כשורש על ידי הקדמת הפקודה בפקודה "gksu". לדוגמה, בואו נפעיל את xterm כשורש על ידי לחיצה על Alt + F2 כדי להעלות את תיבת הדו-שיח לריצה מהירה:
תחילה נראה את תיבת הדו-שיח של הסיסמה המוצגת למעלה, הזן את הסיסמה שלך ... והנה - כעת יש לנו מסוף הפועל כשורש:
דברים קלים!